Eine der wichtigsten Aufgaben der WTO besteht in der Schlichtung von Handelsstreitigkeiten zwischen ihren Mitgliedern. Anstatt "Handelskriege" mit Hilfe von Strafzöllen und Einfuhrbeschränkungen auszutragen, rufen Mitgliedsländer bei handelpolitischen Meinungsverschiedenheiten den "Dispute Settlement Body" der WTO an. Dieser setzt nach Beratungen mit den Streitparteien ein Gremium von Experten ein, die sechs Monate Zeit erhalten um – nach Anhörung der Parteien und eigener Recherche – einen Report vorzulegen. Dieser beurteilt, ob der beklagte Staat die WTO-Vereinbarungen verletzt hat. Der Report wird dem Dispute Settlement Body zur Abstimmung vorgelegt und wird rechtskräftig, wenn diese Versammlung ihn nicht einstimmig zurückweist. Die betroffenen Steitparteien können gegen diese Entscheidung nur auf der Grundlage juristischer Argumente Einspruch einlegen, eine neue Beweisaufnahme ist nicht vorgesehen. Das gesamte Verfahren folgt einem vertraglich fixierten Zeitplan und darf grundsätzlich einschließlich der Entscheidung über Einsprüche nicht länger als 15 Monate dauern.
Das Steitschlichtungsverfahren der WTO unterscheidet sich damit in einigen wesentliche Punkten von dem seines Vorgängers, des GATT. Damals gab es keinen festen Zeitplan, nach dem die Streitfrage entschieden werden musste. Außerdem war damals Einstimmigkeit der Mitgliedsländer erforderlich, um eine Verurteilung rechtskräftig werden zu lassen. Heute kann die Rechtskraft hingegen nur einstimmig verhindert werden. Die WTO kann also erheblich mehr "Zähne zeigen" als ihr Vorgänger. In der Praxis hat sie dies jedoch nur bedingt getan.
Auch wenn ein Mitgliedstaat eine Verurteilung und ihre Folgen in Kauf nimmt, kann es nach wie vor zu Handelskriegen kommen. Gerade die größten Handelsmächte sind ihrer Verantwortung für die Einhaltung des Völkerrechtes in den letzten Jahren nicht nachgekommen, wenn es ihnen politisch opportun erschien. So umging die EU sowohl im Streit um ihre Bananenmarktordnung als auch um den Import hormonbehandelten amerikanischen Rindfleisches mit mehr oder minder fadenscheinigen Argumenten die Umsetzung von WTO-Entscheidungen, die gegen sie ausfielen. Gleichzeitig lässt sich der amerikanische Kongress kaum daran hindern, einseitige Handelssanktionen zu verhängen, um seine (innenpolitisch diktierten) Ziele durchzusetzen – so z.B. beim Embargo gegen Kuba.